1987-04
日本国有鉄道改革法により、北海道旅客鉄道株式会社、東日本旅客鉄道株式会社、東海旅客鉄道株式会社、西日本旅客鉄道株式会社、四国旅客鉄道株式会社、九州旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社が設立され、日本国有鉄道は日本国有鉄道清算事業団（現独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構）に移行
1988-03
津軽海峡線（青函トンネル）開通
1988-04
本四備讃線（瀬戸大橋）開通
1991-05
「企業理念」発表
1993-10
潤滑油の保管、配送会社株式会社オー・エル・エスを設立
1994-11
運転士の養成施設「中央研修センター」開設
1995-03
文書類の保管・管理を専門に行うレコード・マネジメント・サービス事業を開始
1995-10
生活廃棄物輸送の営業開始（梶ヶ谷貨物ターミナル駅～末広町駅間）
1996-10
運輸大臣の懇談会として「ＪＲ貨物の完全民営化のための基本問題懇談会」設置
1998-03
東海道線コンテナ輸送力増強工事（一期）完成
2000-04
コンテナ貨車・コンテナの番号自動読取システム導入
2000-12
武蔵野線・京葉線の貨物列車走行対応化事業の完成・営業開始
2002-03
門司貨物拠点整備事業により、北九州貨物ターミナル駅がＥ＆Ｓコンテナ荷役方式駅として開業
2003-03
飯田町貨物駅跡地で開発を進めていたオフィス・商業施設・住宅の機能を備えた複合都市「アイガーデンエア」がグランドオープン
2006-04
コンテナセンター、自動車代行駅の呼称をＯＲＳ（オフレールステーション）に統一
2007-03
山陽線鉄道貨物輸送力増強事業完成。日韓ＲＡＩＬ-ＳＥＡ-ＲＡＩＬサービス開始
2010-06
小名木川駅跡地に商業施設「Ａｒｉｏ（アリオ）北砂」が開業
2011-03
鹿児島線（北九州・福岡間）鉄道貨物輸送力増強事業完成
2011-11
海外鉄道コンサルティング会社（日本コンサルタンツ株式会社）をＪＲ旅客・民鉄各社と共同設立
2013-03
吹田貨物ターミナル駅開業、百済貨物ターミナル駅リニューアル開業。隅田川駅鉄道貨物輸送力増強事業竣工
2014-07
日本運輸倉庫株式会社と株式会社飯田町紙流通センターが合併、日本運輸倉庫株式会社発足
2015-10
株式会社ジェイアール貨物・不動産開発、東京貨物開発株式会社及びジェイアールエフ・パトロールズ株式会社が合併、株式会社ジェイアール貨物・不動産開発発足
2016-03
北海道新幹線新青森～新函館北斗間開業により、新幹線との共用走行を開始
2016-03
日本フレートライナー株式会社と株式会社ジェイアール貨物・インターナショナルが合併、日本フレートライナー株式会社発足
2016-04
株式会社ジェイアール貨物・関西ロジスティクスと株式会社ジェイアール貨物・山陽ロジスティクスが合併、株式会社ジェイアール貨物・西日本ロジスティクス発足
2016-10
北海道ジェイアール物流株式会社と株式会社ジェイアール貨物・北海道ロジスティクスが合併、株式会社ジェイアール貨物・北海道物流発足
2016-10
株式会社ジェイアール貨物・北関東ロジスティクスと宇都宮ターミナル運輸株式会社が合併、株式会社ジェイアール貨物・北関東ロジスティクス発足
2017-03
株式会社ジェイアール貨物・リサーチセンターが解散
2018-01
日本オイルターミナル株式会社と株式会社オー・エル・エスが合併、日本オイルターミナル株式会社発足 年月事項
2019-07
日本運輸倉庫株式会社と株式会社大阪鉄道倉庫が合併、日本運輸倉庫株式会社発足
2020-02
東京貨物ターミナル駅構内にマルチテナント型大型物流施設「東京レールゲートＷＥＳＴ」竣工
2020-07
日本フレートライナー株式会社と東京エフ・エル・サービス株式会社が合併、日本フレートライナー株式会社発足
2021-09
日本山村硝子株式会社と共同出資による植物工場事業を行う合弁会社「山村ＪＲ貨物きらベジステーション株式会社」を設立
2022-03
公募社債「グリーンボンド」発行
2022-05
札幌貨物ターミナル駅構内に大和ハウス工業株式会社との共同事業によるマルチテナント型物流施設「ＤＰＬ札幌レールゲート」竣工
2022-07
東京貨物ターミナル駅構内にマルチテナント型大型物流施設「東京レールゲートＥＡＳＴ」竣工
2023-05
秋田臨海鉄道株式会社が解散
2024-08
災害時の代替輸送を担うセンコーグループとの共同新造船「扇望丸」が就航
2025-03
回転型不動産ビジネスに参入、不動産私募ファンドを組成し運用を開始
2025-04
総合物流事業グループの発展に向けて、日本運輸倉庫株式会社をＪＲ貨物ロジ・ソリューションズ株式会社に商号変更
2025-09
大和ハウス工業との共同事業第2弾となる、マルチテナント型物流施設「ＤＰＬ千葉レールゲート」竣工
