1946-03
東京都淀橋区角筈2丁目93番地に資本金5百万円をもって、国産原油の輸送を主たる業務とする「日本原油輸送株式会社」設立。
1946-06
東京都千代田区丸の内三丁目10番地に本店移転。
1948-01
社名を「日本石油運送株式会社」と改称。
1949-03
東京都千代田区紀尾井町3番地16号に本店移転。
1957-06
社名を現在の「日本石油輸送株式会社」と改称。
1957-11
有限会社丸の内保険代理店（現株式会社ニチユ）を設立。（現非連結子会社）
1958-02
東京都千代田区丸の内二丁目18番地（現在の二丁目2番2号）に本店移転。
1958-06
化成品の鉄道タンク車輸送を開始。
1961-02
秋田県下における自動車輸送事業を東北石油輸送株式会社（現株式会社エネックス）として分離。
1962-02
中京、阪神地区の自動車輸送事業を近畿石油輸送株式会社として分離。（現連結子会社）
1964-04
京浜・中京・阪神地区の自動車輸送事業を関東石油輸送株式会社（現株式会社エネックス）、関西石油輸送株式会社（現株式会社エネックス）としてそれぞれ分離。
1967-04
東京証券取引所市場第二部へ株式上場。
1968-02
化成品部を設置。
1971-04
札幌地区の自動車輸送事業を札幌石油輸送株式会社（現株式会社エネックス）として分離。
1972-10
川崎洗浄基地（現在のメンテナンスセンター）を設置。
1978-03
成田空港向けジェット燃料輸送開始。（
1983-08
輸送終了）
1978-09
東京証券取引所市場第一部へ株式上場。
1984-03
コンテナ部を設置。
1985-03
レンタルコンテナの営業を開始。
1998-07
子会社である札幌石油輸送株式会社、東北石油輸送株式会社、関東石油輸送株式会社および関西石油輸送株式会社の4社は、関東石油輸送株式会社を存続会社として合併し、株式会社エネックスに商号変更。（現連結子会社）
2000-03
日本初のＬＮＧコンテナの鉄道輸送を開始。
2001-09
株式会社ニチユを当社100％子会社化。
2002-12
東京都品川区大崎一丁目11番1号に本店移転。
2003-03
東海ツバメサービス株式会社は、株式会社ニュージェイズに商号変更。
2004-04
共栄企業株式会社（現株式会社ＪＫトランス）を当社100％子会社化。（現連結子会社）グループ環境安全室（現グループ安全推進部）を設置。
2004-10
株式会社極液（現株式会社エネックス）を当社100％子会社化。
2005-04
コールドガス・キャリアー株式会社（現株式会社エネックス）を当社100％子会社化。
2005-07
子会社である株式会社エネックス、株式会社極液およびコールドガス・キャリアー株式会社は、株式会社エネックスを存続会社として合併。
2006-04
東日本液体物流株式会社（現株式会社エネックス）を当社100％子会社化。
2008-04
内部監査室、ＬＮＧ部を設置。
2010-02
子会社である株式会社エネックスおよび新潟ペトロサービス有限会社は、株式会社エネックスを存続会社として合併。
2011-07
子会社である株式会社エネックスおよび東日本液体物流株式会社は、株式会社エネックスを存続会社として合併。
2012-04
共栄企業株式会社は、株式会社ＪＫトランスに商号変更。
2013-04
海外事業室を設置。
2013-10
日本、中国、韓国、台湾の4カ国間にてＩＳＯタンクコンテナの国際Ｏｎｅｗａｙ輸送を開始。
2013-12
日秋興業株式会社を株式会社エネックスに吸収合併。
2014-10
国際Ｏｎｅｗａｙ輸送の営業エリアを4カ国から10カ国に拡大。
2015-04
海外事業室を海外事業部に改組。シンガポールに駐在員事務所を設置。
2018-01
シンガポール駐在員事務所をシンガポール支店に改組。
2019-10
東京液体運輸株式会社を株式会社エネックスに吸収合併。
2021-04
経営企画室、資産運用部を設置。
2021-07
事業部（石油輸送事業部、高圧ガス輸送事業部、化成品・コンテナ輸送事業部）を導入。
2022-04
東京証券取引所の市場区分の見直しにより、東京証券取引所市場第一部からスタンダード市場に移行。
2025-04
化成品・コンテナ輸送事業部を再編し、化成品輸送事業部とコンテナ輸送事業部とに改組。子会社である株式会社エネックスおよび株式会社ニュージェイズは、株式会社エネックスを存続会社として合併。
