2000-09
インターネットを活用した医療関連事業を行うため、東京都品川区に、ソネット・エムスリー株式会社を設立
2000-10
MR（製薬会社の医薬情報担当者）による医師への情報提供をサポートする、インターネットを活用したコミュニケーションツールサービス「MR君」提供開始
2003-07
平行して運営してきた「MyMedipro」と「so-netm3.com」の2つの医療情報サイトを統合、医療専門サイト「m3.com」として運営開始
2003-10
米国での事業展開を目的として、So-net M3 USA Corporation（現 M3 USA Corporation）を設立
2004-09
株式会社東京証券取引所マザーズ市場に株式を上場
2005-12
初のコンシューマー向けサービス「AskDoctors」提供開始
2007-03
株式会社東京証券取引所市場第一部へ上場市場を変更
2009-12
医師・薬剤師向け求人広告事業及び人材紹介事業を行うエムスリーキャリア株式会社を設立
2010-01
商号をエムスリー株式会社に変更
2011-08
英国において医師向けポータルサイトを運営するDoctors.net.uk Limited（現 M3 (EU) Limited）を連結子会社化
2011-11
本店を現在地に移転
2012-10
電子カルテ等の開発・販売・サポート事業を行う株式会社シィ・エム・エス（現 エムスリーソリューションズ株式会社）を連結子会社化
2013-11
中国での事業展開を目的として、Kingyee Co., Limited（現 Medlive Technology Co., Ltd.）を連結子会社化（
2021-06
に同社の香港証券取引所上場に伴い当社の連結子会社を外れ、持分法適用関連会社化）
2014-02
治験業務の支援を行う株式会社メディサイエンスプラニングを株式交換により連結子会社化
2014-08
医療機関の運営サポート事業を行うエムスリードクターサポート株式会社（現 株式会社シーユーシー）を設立
2016-11
フランス、ドイツ、スペインを中心に医薬品情報データベース関連事業を行うVidal Groupの持株会社であるAXIO Medical Holdings Limited（現 M3 Medical Holdings LTD）を連結子会社化
2018-02
米国において治験支援事業を行うWake Research Holdings, LLC（現 M3 Wake Research, Inc.）を連結子会社化
2019-03
インドにおいて医学教育事業等を行うNeuroglia Health Private Limitedの持株会社であるDailyRounds, Inc.（現 M3 USA Corporation）を連結子会社化
2021-11
クリニックで必要な、予約、問診、キャッシュレス決済等の機能を集約・ワンストップ化したクラウドサービス「エムスリーデジカルスマート診療」の提供を開始
2022-04
東京証券取引所の市場区分の見直しにより、東京証券取引所の市場第一部からプライム市場に移行
2022-07
予防医療分野への重点領域拡大の取り組み「ホワイト・ジャック・プロジェクト」を開始
2023-06
連結子会社の株式会社シーユーシーが東京証券取引所グロース市場へ新規上場
2023-07
マーケティング・データアナリティクス事業を展開するKantar Groupより、欧米を中心とする同社のヘルスケア調査関連の2事業を譲受（Kantar Profiles-Health及びKantar Media Healthcare Research）
2024-10
入院患者や介護施設の利用者等向けの患者サポート事業を行う株式会社エランを公開買付けにより連結子会社化
2025-04
福利厚生サービス事業等を行う株式会社イーウェルを連結子会社化
